Một trong những kẻ thù mà cheo cheo Java phải đối mặt là con người. Thông qua tàn phá môi trường sống, cũng như săn bắn và bẫy cheo cheo làm thực phẩm, lấy da, làm thú nuôi, con người đã làm giảm đáng kể quần thể cheo cheo Java. Cheo cheo đặc biệt dễ bị đe dọa khi bị con người săn đuổi vào ban đêm bởi vì xu hướng cứng đơ cơ thể lúc bị đèn pha chiếu sáng.[1] Do kích thước nhỏ nên cheo cheo Java bị chó, cá sấu, mèo lớn, chim săn mồi và rắn ăn thịt phổ biến.[17]